Dans un arrêt du 15 avril 2016, la Cours Administrative d’Appel de Paris a rejeté la requête de la SARL Procton Labs qui entendait se voir restituer près de 2 550 000 € de Crédit d’Impôt Recherche (CIR) pour les années 2009 et 2010. Suite à sa première demande de restitution, la société s’était vu refuser le remboursement du CIR 2009 dans son intégralité (1 384 349 €) en mars 2011. De plus, après une vérification de comptabilité, l’administration avait transmis une proposition de rectification en décembre 2012 sur la totalité du CIR 2010 (1 163 084 €).
La société a contesté cette proposition de rectification auprès du Tribunal Administratif de Paris qui, après avis d’un expert du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR), a rejeté la demande et confirmé la rectification (2014). Dans le cadre de l’appel de ce jugement, entre autres arguments, la société a fait valoir que l’administration avait reconnu le caractère éligible de son projet de recherche sur la base de 2 courriers prenant une position favorable à sa demande de rescrit Jeune Entreprise Innovante (JEI). Toutefois, le tribunal considère que : « le premier de ces courriers, qui constitue la réponse de la direction régionale à la recherche et à la technologie à une demande d’avis formulée par l’administration fiscale, n’émane pas de cette dernière et ne peut donc constituer une prise de position formelle de celle-ci susceptible de lui être opposée ; que s’agissant du second courrier, s’il renferme une prise de position de l’administration fiscale, celle-ci portait, en tout état de cause, uniquement sur la reconnaissance du statut de jeune entreprise innovante et ne saurait avoir eu pour effet de dispenser l’entreprise d’établir, à l’occasion notamment de sa demande de remboursement du crédit d’impôt recherche litigieux, qu’elle a effectivement réalisé, au cours de l’exercice concerné, des dépenses liées à des activités. »
Cette décision montre qu’il est primordial de distinguer la procédure de rescrit au titre du statut JEI et la déclaration du CIR. La validation par rescrit du statut JEI doit être utilisé comme un indicateur de l’activité de R&D de la société dans le dossier justificatif produit chaque année. Cette analyse est également valable dans le contexte de l’obtention d’un agrément au titre du CIR comme le prouve cette autre jurisprudence récente.
Lien vers le texte de la décision 15PA02348 sur Legifrance
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